Zgodnie z § 109, ust. 1 Prawa Wewnętrznego Kościoła Polskokatolickiego w RP, w dniu 30 czerwca 2003 r. upływała pięcioletnia kadencja władz Kościoła Polskokatolickiego. Poprzedni Synod odbył się w dniu 30 czerwca 1998 r. w Warszawie.
W dniu 20 marca 2003 r. Rada Synodalna podjęła jednogłośnie uchwałę o zwołaniu Ogólnopolskiego Synodu na dzień 20 czerwca 2003 r. w Warszawie. Na tej samej sesji zatwierdzono Program Ogólnopolskiego Synodu, skład Prezydium Synodu, Sekretariatu, Komisji Mandatowo-Skrutacyjnej i Komisji Uchwał i Wniosków. Rada Synodalna zaleciła wystosowanie Listu Pasterskiego o zwołaniu Synodu Kościoła z poleceniem odczytania we wszystkich parafiach podczas Mszy św., w niedzielę po Zmartwychwstaniu Pańskim — 27 kwietnia 2003 r. Rada powołała Biuro Przedsynodalne pod przewodnictwem Zwierzchnika Kościoła w celu przygotowywania dokumentów. W dniu 14 kwietnia 2003 r. Biuro Przedsynodalne przesłało do wszystkich parafii Zarządzenie (L.dz. 129/RS/IV/2003), zalecając, by Zgromadzenia Parafialne wybrały delegatów na Synod. Zalecono również, by w uroczystość Trójcy Świętej, w niedzielę 15 czerwca 2003 r., po Sumie — przed wystawionym Najświętszym Sakramentem — odmówiono modlitwy przyczynne we wszystkich parafiach.
Po 18 maja 2003 r. Biuro Przedsynodalne przesłało do delegatów wybranych na Synod odpowiednie dokumenty i zaproszenie z numerem mandatu. Rozesłano dokumenty do 136 delegatów duchownych i świeckich, powołanych na Synod zgodnie z § 95 Prawa Wewnętrznego Kościoła Polskokatolickiego w RP.
W dniu 20 czerwca 2003 r., o godzinie 10, w Warszawie przy ul. Chłodnej 64, w siedzibie Zarządu Polkat Holding Sp. z o.o. rozpoczął obrady Ogólnopolski Synod Kościoła Polskokatolickiego w RP.
W dniu Synodu w Biurze Przedsynodalnym zarejestrowało się 119 delegatów duchownych i świeckich, którzy otrzymali teczki z mandatami na Ogólnopolski Synod.

Porządek obrad był następujący:

 I. Sesja wstępna

II. Sesja sprawozdawcza

III. Sesja poświęcona administracji i strukturze Kościoła

IV. Sesja dotycząca Prawa Kościoła

V.  Sesja wyborcza

VI.  Sesja Programowa

O godz. 18.30, ze względu na opuszczanie sali obrad przez delegatów spieszących się na pociągi, bp W. Skołucki modlitwą i słowami „Szczęść Boże" zamknął obrady Ogólnopolskiego Synodu Kościoła Polskokatolickiego w RP w Warszawie w dniu 20 czerwca 2003 r.

Cała dokumentacja obrad Synodu Ogólnopolskiego znajduje się w Archiwum Rady Synodalnej. Do problematyki obrad Trzeciego Synodu Ogólnopolskiego Kościoła Polskokatolickiego — po zmianach polityczno-ustrojowych — odbytego w dniu 20 czerwca 2003 roku — będziemy wracać w artykułach.